国自然项目十大常用数据库和工具汇总！必须收藏！

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1.Genecards

http://www.genecards.org/

GeneCards是一个综合数据库，可以说是基因信息最全面的数据库，含有大约125个网络来源的基因的数据（包括基因组，转录组学，蛋白质组学等）

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2. TheHuman Protein Atlas

http://www.proteinatlas.org/

TheHuman Protein Atlas数据库有着全部24000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，免费提供给大家查询。

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3.TCGA

（1）cBioPortal

http://www.cbioportal.org/

cBioPortal数据库是基于 TCGA 数据库开发的一款集数据挖掘、数据整合及可视化等多功能于一体的综合性开放网络平台。

（2）GEPIA

http://gepia.cancer-pku.cn

GEPIA包括来自TCGA和GTEx数据库的9736个肿瘤组织和8587个正常组织的RNA测序数据，主要提供的功能有：基因表达分析，基因相关性分析，生存分析，相似基因预测，降维分析等。

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4. UCSC

http://genome.ucsc.edu/

UCSC数据库主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见动物的基因组信息。UCSC里也包括了一系列的分析工具，帮助用户浏览基因信息、查看已有基因组注释信息和下载基因序列等。

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5. GEO

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

GEO数据库是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。利用这个数据库，我们可以检索到其他一些人上传的一些实验测序数据。

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6. Oncomine

https://www.oncomine.org/

Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台，旨在挖掘癌症基因信息。它拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息，可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点。

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7. DIANA Tools

http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php

DIANA tools数据库是miRNA和lncRNA相关研究的数据库，能够分析miRNA与靶基因，miRNA与信号通路，miRNA与lncRNA的相关分析，以及自动分析数据，并且可以直接根据序列（新miRNA）预测靶基因。

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8. FUNRICH

www.funrich.org

FunRich (Functional Enrichment analysis tool) 是一个主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析的独立的软件工具，分析结果可以Venn图、Bar图、Column图、Pie和Doughnut等图表形式呈现，简洁清晰。

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9.BATMAN——TCM

http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/是一款用于中草药分子机制挖掘的在线分析工具，基于中草药成分的靶基因预测结果，进行GO/KEGG功能富集、OMIM/TTD疾病富集和网络药理学分析。

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10. Wikipathway
http://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathwayswikipathway数据库是代谢通路专用数据库， 可以下载所有pathway的通路图。
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